第一步是选择种子，光照和细菌的选择是通过在污水水泥中培养来实现的，培养基首先是增菌培养基，然后是选择培养基。
光合细菌培养基
目前使用的光合细菌的剂型有很多种，下面介绍一种常用的剂型：
磷酸氢钾（） 0.5g
磷酸二氢钾（） 0.5g
硫酸铵（(NH4)2SO4） 1g
硫酸镁（MgSO4.7H2O0.5g
乙酸钠 2g
（或3毫升95%酒精）
酵母提取物（或酵母糊） 2g
消毒海水1000m
光合细菌培养基的制备
灭菌消毒
细菌培养所用的培养基应连同培养容器一起放入高压蒸汽灭菌器内灭菌。小规模生产培养时，可将配制好的培养液放在普通铝锅或大锥形瓶内煮沸灭菌。大规模生产培养时，可将经沉砂过滤的水用漂白粉（或漂白液）灭菌后使用。
疫苗接种
培养基配制好后应立即接种。光合细菌生产培养接种量较高，一般为20-50%，即菌母液量与新配制培养基量之比为1：4-1：1，不宜低于20%。特别是微曝气培养接种量应更高，否则光合细菌难以在培养基中占据绝对优势，影响培养的最终产量和质量。
培训管理
光合细菌培养过程中，管理工作包括日常管理操作与检测、生长情况的观察与检查、问题的分析与处理三个方面。
（1）日常管理与检测
1）搅拌通气：光合细菌培养过程中需要进行通气或搅拌，以帮助沉淀的光合细菌上浮获得光照，维持菌体良好的生长。
2）调节光照强度：培养光合细菌需要连续光照，在日常管理工作中，应根据需要经常调节光照强度。白天可利用阳光培养，晚上需人工光源，或完全采用人工光源培养。人工光源一般采用碘钨灯或白炽灯。不同的培养方式要求的光照强度不同，一般培养光照强度控制在2000～1000之间。如果光合细菌生长繁殖快，细胞密度高，光照强度应提高到5000～1000。
可通过调节培养容器与光源之间的距离或采用可控电源箱来调节光照强度。
3）调节温度：光合细菌对温度的适应范围很广，一般在23-39℃范围内均能正常生长繁殖，不必调节温度，常温培养，也可以调节温度，控制在最适宜光合细菌生长繁殖的范围内，这样光合细菌才能更好地生长。
酸性光合细菌碱度的测定与调节
在培养光合细菌的过程中，必须注意pH的变化。由于光合细菌的大量繁殖，菌液pH值上升，代表光合细菌处于指数生长期。但当pH超过生长的最适范围，甚至适应范围时，代表光合细菌的生长已达到高峰，随后生长下降。若能及时调节菌液pH，使pH保持在最适范围内，光合细菌就能继续生长繁殖。为了延长光合细菌的指数生长期，提高培养基的利用率和单位水体的产量，对pH值的测定和调节十分重要。