膜蛋白具有多种功能，在细胞识别、细胞信号转导和运输等方面发挥着重要作用。因此，它们也是极好的药物靶点。膜蛋白提取主要用于蛋白质组分析：常用的实验有非变性凝胶电泳、酶活性分析、SDS-PAGE、印迹等。本文介绍总蛋白和膜蛋白的提取方法。
1.从新鲜样品中提取总蛋白（简单方法）
1. 自行配制裂解液（pH 8.5-9.0）：50 mM Tris-HCl、2 mM EDTA、100 mM NaCl、0.5% X-100，调节 pH 至 8.5-9.0 备用；使用酶前添加 100 μg/ml 裂解，1 μl/ml 蛋白酶抑制剂 PMSF。该裂解液的用量为10-50ml裂解液/1g湿细胞。
2. 取40ml菌液，，4℃离心15分钟，收集菌体。将沉淀物悬浮并用PBS洗涤两次。将 1 ml 裂解缓冲液添加到沉淀中以悬浮细菌细胞。
3、超声波破碎，采用300W、10s超声波/10s间隔，超声波20min，反复冻融超声波3次，直至菌液变澄清或变色。
4. 1000 g 离心去除大碎片。上清液可直接变性并进行PAGE电泳检测，或用1% SDS溶液透析并冷冻。
缺点：结果表明疏水性跨膜蛋白的提取效率有限。
2. 裂解液中总蛋白的分离
1. 将溶解的样品研磨粉碎后，加入氯仿分层，2-8℃ 10,000 g 离心 15 分钟。上层水相用于RNA提取，体积约占总体积的60%。
2. 用乙醇沉淀中层和有机相中的DNA。每使用1ml，加入无水乙醇0.3ml，混匀，室温放置3分钟，2-8℃，不超过2000g离心5分钟。
3. 将上清液转移至新的 EP 管中，用异丙醇沉淀蛋白质。每使用1ml，加入1.5ml异丙醇，室温放置10分钟，2-8℃12,000g离心10分钟，弃上清。
4.用含有0.3M盐酸胍的95%乙醇洗涤。每1ml加入2ml洗涤液，室温放置20分钟，2-8℃7500g离心5分钟，弃上清，重复洗涤两次。最后加入2ml无水乙醇，涡旋，室温放置20分钟，2-8℃7500g离心5分钟，弃上清。
5、冻干5-10分钟，溶解1%SDS溶液，反复吹管，50℃孵育至完全溶解，2-8℃10,000g离心10分钟，除去不溶物。
6.替代方案：将步骤3中的酚醇上清液转移至小分子量透析袋中，在2-8℃下于1%SDS溶液中透析3次，1000g离心10分钟去除沉淀。上清液可直接使用。用于蛋白质实验。
3.新鲜样品中疏水性膜蛋白的提取（X-114去垢剂法）
1. 配制疏水蛋白提取液（非裂解液）：1% X-114、150 mM NaCl、10 mM Tris-HCl、1 mM EDTA，调节 pH 至 8.0，备用。
2、菌液4℃、离心15分钟，收集细胞；用1ml含5mM MgCl2的PBS洗涤3次，最后4℃、离心15分钟收集细胞。
3、菌体沉淀中加入冷提取液1ml，4℃放置2小时，离心10分钟，除去沉淀，取上清液。
4. 将上述上清液中X-114含量增加至2%，然后加入20 mM CaCl2抑制部分蛋白酶活性，37℃放置10分钟分层。室温1000g离心10分钟，使液相和去污相充分分离。
5、分离液相和去污相，用10倍体积的冷丙酮在冰上沉淀45分钟。
6. 4℃、17,000g离心30分钟，用去离子水洗涤沉淀3次。
7、将沉淀溶解在1% SDS溶液中，测定蛋白质浓度，比较液相和去污相的蛋白质提取效率。一般去污阶段疏水性膜蛋白较多，适合进一步的蛋白实验。
8. SDS-PAGE进一步分析液相和洗涤剂相的蛋白质谱。